Os biofilmes, complexos ecossistemas microbianos, podem ser formados por populações desenvolvidas a partir de uma única, ou de múltiplas espécies, podendo ser encontrados em uma variedade de superfícies bióticas e/ou abióticas.

Estes participam metabolizando esgotos e águas contaminadas com petróleo, na nitrificação, na reciclagem de enxofre oriundo de drenados ácidos de minas (onde o pH é 0) e em vários outros processos. Outro tipo de biofilme está associado às partículas em suspensão, muitas vezes denominadas neve marinha, extremamente importante nas transformações biogeoquímicas do carbono em ambientes pelágicos, na metanogênese, fixação de nitrogênio e produção de enxofre. Estes achados revelam que nos biofilmes podem ser criadas condições de anaerobiose, em ambientes normalmente aeróbios.

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